این مسجد در قرن نوزدهم با کمک گرفتن از سربازان کمپانی هند شرقی ساخته شده است. در آن دوران پنانگ در مسیر تجاری قرار داشت که باعث گسترش و رونق این شهر شده بود. با ورود سربازان مسلمان هندی به تدریج تعداد مسلمانان در این منطقه رو به افزایش رفت و نیاز به مسجدی بزرگ و جامع در این منطقه حس شد. در آن سال ها قطعه زمینی به مسلمانان اهدا شد که در این قطعه زمین مسجد کاپیتان کلینگ را ساختند پس از گذشت دو قرن این مسجد به یکی از محبوب ترین جاذبه های گردشگری در تور مالزی تبدیل شده است. تمامی مصالح ساخت این مسجد از هند وارد این منطقه کردن. معماری این مسجد به شکل مستطیل است و به سبک معماری در ناطق مغولستان ساخته شده است. فضای داخلی این مسجد به بسیار زیبا و منحصر به فرد است. مسجد کاپیتان کلینگ به قدری زیبا و جذاب است که به یکی از محبوب ترین بخش های کشت شهری تور کوالالامپور پنانگ تبدیل شده است.